Recherche de gènes de biodégradation des xénobiotiques chez les bactéries pour des fins de bioremédiation et détection de polymorphisme (Research for xenobiotic biodegradation genes in bacteria for bioremediation purposes and polymorphism detection)

الموضوعات

علوم بحتة وطبيعية

الملخص

Les activités anthropiques abusif entraînent l'accumulation de larges gammes de composés chimiques synthétiques (xénobiotiques) dans l’environnement. L’accumulation de ces composés dans le sol et les eaux peuvent perturber les différents écosystèmes. De plus, ces composés sont pour la plupart cancérigènes, posant des risques pour la santé humaine et animale et persistent pendant une longue durée. Leur élimination ne peut se faire que moyennant des frais considérables. Le procédé de bio remédiation au moyen de micro organismes spécifiques est une technique durable et rentable économiquement, permettant l’élimination des polluants xénobiotiques. Certaines bactéries possèdent des gènes servant à générer la capacité de dégrader ces substances xénobiotiques, d’où la possibilité d’éliminer les polluants environnementaux selon un processus biologique.Dans ce mémoire de fin d’étude, nous avons réalisé un travail documentaire, en consultant les nouveautés des publications scientifiques dans le domaine de la bio remédiation, particulièrement exercées par des agents bactériens. Nous avons sélectionné par la suite l’étude in silico des six gènes de catabolisme de l’atrazine (atzA, atzB, atzC, atzD,atzE, atzF) chez Pseudomonas sp. ADP. La partie expérimentale a été réalisé intégralement en ligne, sur la plateforme NCBI et les banques de données protéiques (PDB et Uni Prot).Nous avons obtenu comme résultats que les gènes atz se situes au niveau du plasmide conjugatif pADP-1, ils génèrent le catabolisme complet de l’atrazine en deux principales voies ; voies haute (atz ABC) et voie basse (atz DEF) afin de l’utiliser comme source d’azote. Ces gènes présentent une plasticité génétique importante, ils sont trouvés disséminés dans l’environnement, et partagent des pourcentages de similarités importantes avec des bactéries phylogénétiquement éloignées. Malgré ces résultats, Les gènes atz ne présentes pas un polymorphisme important.Le transfère Horizontal des gènes (HGT) et la transposition médiée par les éléments transposables présents dans le plasmide pADP-1, constituent les principaux mécanismes de transfère et variation des gènes atz (Abusive human activities lead to the accumulation of wide ranges of synthetic chemical compounds (xenobiotics) in the environment. The accumulation of these compounds in soil and water can disrupt the various ecosystems. Moreover, these compounds are mostly carcinogenic, posing risks to human and animal health and persisting for a long time. Their elimination can only be done by paying considerable costs. The bioremediation process using specific microorganisms is a sustainable and inexpensive technique allowing the elimination of xenobiotic pollutants. Some bacteria have genes to produce the ability to degrade these xenobiotic substances, hence the possibility of eliminating environmental pollutants through a biological process. In this thesis, we carried out a documentary work, consulting the novelties of scientific publications in the field of bioremediation, particularly exerted by bacterial agents. Then, we selected the in-silico study of the six Atrazine catabolism genes (atzA, atzB, atzC, atzD, atzE, atzF) in Pseudomon assp. ADP. The experimental part was carried out entirely online, on the NCBI platform and the protein databases (PDB and Uni Prot).We obtained as results that the atz genes are located in the conjugative plasmid pADP-1, they generate the complete catabolism of atrazine in two main ways; upper pathways (atz ABC) and lower pathways (atz DEF) in order to use it as a source of nitrogen. These genes exhibit significant genetic plasticity, are found scattered in the environment, and share significant percentage similarities with phylogenetically distant bacteria. Despite these results, atz genes do not exhibit significant polymorphism. Horizontal gene transfer (HGT) and transposition mediated by the transposable elements present in the pADP-1 plasmid constitute the main mechanisms of atz gene transfer and variation)

روابط وملفات

التعريف والنوع

رقم الوثيقة

0a83d9bf-6604-4636-8d44-7c9f119d4be5

رقم العقد

0

نوع الوسائط

Crawler

نوع المحتوى

الرسائل العلمية

صيغة المصدر

ماستر (LMD)

نوع الملف

pdf text

أسماء الملفات

2227956_1.pdf

بيانات النشر

ترجمة العنوان

البحث عن جينات التحليل الحيوي للمواد الدخيلة لدى البكتيريا لأغراض المعالجة الحيوية واكتشاف تعدد الأشكال

ألقاب المؤلفين

[{"name_ar":" M. Benchabene ","title_ar":"اشراف","title_en":"Supervision"},{"name_ar":"Chaïma Merahba","title_ar":"اعداد","title_en":"Preparation"},{"name_ar":"D Mekhaldi","title_ar":"اشراف","title_en":"Supervision"}]

اللغة

French

المصدر والدورية

اسم المصدر

Recherche de gènes de biodégradation des xénobiotiques chez les bactéries pour des fins de bioremédiation et détection de polymorphisme (Research for xenobiotic biodegradation genes in bacteria for bioremediation purposes and polymorphism detection)

المحتوى والصفحات

عدد الصفحات

0

ترجمة الملخص

تؤدي الأنشطة البشرية المفرطة إلى تراكم كميات كبيرة من المركبات الكيميائية الاصطناعية الغريبة عن البيئة(مواد دخيلة) ،يمكن أن يؤدي تراكم هذه المركبات في التربة والمياه إلى تعطيل النظم البيئية المختلفة. علاوة على ذلك، فإن هذه المركبات في الغالب تكون مسرطنة، وتشكل مخاطر على صحة الإنسان والحيوان وتستمر في الطبيعة لفترة طويلة. لا يمكن التخلص منها إلا بتكاليف كبيرة. إن عملية المعالجة الحيوية باستخدام كائنات دقيقة محددة هي تقنية مستدامة وغير مكلفة تسمح بالتخلص من الملوثات. بعض البكتيريا لديها جينات لتوليد القدرة على تحليل هذه المواد الغريبة، ومن ثم إمكانية القضاء على الملوثات البيئية من خلال عملية بيولوجية .في مذكرة نهاية الدراسة هذه، قمنا بعمل بحث وثائقي، مستعينين بأحدث المنشورات العلمية في مجال المعالجة الحيوية، وخاصة التي تمارسها العوامل البكتيرية. ثم اخترنا دراسة in silicoللجيناتالستةالمسؤولة عن التحليل الكامل لمركب الأترازين (atzA, atzB, atzC, atzD, atzE, atzf )لدى,Pseudomonassp. ADP تم تنفيذ الجزء التجريبي بالكامل عبر الإنترنت ، على منصةNCBIوقواعد بيانات البروتين(PDB ,UniProt) .حصلنا على نتائج تشير إلى أن جيناتatzموجودة فيالبلازميدpADP-1،مسؤولة عن التحليل الكامل لمركب الأترازين عبر مرحلتين أساسيتين؛ المرحلة العلوية (atzABC) والمرحلة السفلية (atzDEF), من أجل استخدامها كمصدر للنيتروجين. تظهر هذه الجينات ليونة جينية كبيرة، وتوجد منتشرة في البيئة، وتشترك بنسبة كبيرة في التشابه مع البكتيريا البعيدة وراثيا. على الرغم من هذه النتائج، لا تظهر جينات atzتعدد أشكالهم. يشكل نقل الجينات الأفقي (HGT) والتبديل بوساطة العناصر القابلة للتحويل الموجودة في البلازميدpADP-1الآليات الرئيسية لنقل الجينات atzوتباينه

كلمات الباحثين

Xénobiotiques bioremédiation Pseudomonas génomique gènes atz

إشراف وإعداد

الإشراف

M. Benchabene , D Mekhaldi

الإعداد

Chaïma Merahba

الاقتباسات الببليوغرافية