Detection and characterization of different begomoviruses and associated DNA satellites from selected host plants in Oman

الموضوعات

زراعة

الملخص

Chili leaf curl virus (ChLCV) and Tomato leaf curl virus (TYLCV) are members of Genus Begomovirus (family Geminiviridae) which contains single–stranded DNA viruses transmitted exclusively by the whitefly (Bemisia tabaci). An analysis of the genetic diversity of begomovirus isolates across Oman was conducted. A total of twenty-five samples were collected from different governorates (Muscat, Musandam, Ad-Dakhiliya, Al-Batinah South, Dhofar, and Ash-Sharqiyah South) and were tested for begomovirus, betasatellite, and alphasatellite molecules. Rolling circle amplification (RCA) was used for the detection of full-length begomoviruses, while polymerase chain reaction (PCR) was used for the detection of betasatellite and alphasatellite. The complete nucleotide sequence identity of the begomoviruses, alphasatellite, and betasatellite were done in their entirety. Analysis of these sequences showed that ChLCV and TYLCV are the most prevalent causal agents of leaf curl disease in Oman and show phylogeographic segregation. Moreover, ChLCV was characterized from a new weed host Senna italica Miller located near an infected tomato field. Further, it was found that the amplified ChLCV and TYLCV exhibited the highest nucleotide identity with the previously reported ChLCV and TYLCV strains infecting tomato in Oman. Although earlier studies have indicated that TYLCV is the most prevalent virus infecting mainly tomato crop in Oman, this study shows that ChLCV has been increasing its host range into diverse host plants including weeds as well as increasing its distribution into diverse geographical areas. Furthermore, phylogenetic and other molecular analyses showed that 88% of tested plant samples with begomovirus-like symptoms were also associated with tomato leaf curl betasatellite. In addition, the occurrence of alphasatellite is very rare, and only one okra leaf Oman alphasatellite was also detected.

روابط وملفات

التعريف والنوع

رقم الوثيقة

eeed9ddd-1a39-49f4-be26-8d677f912450

رقم العقد

0

نوع الوسائط

Crawler

نوع المحتوى

الرسائل العلمية

صيغة المصدر

رسائل ماجيستير

نوع الملف

pdf text

أسماء الملفات

eeed9ddd-1a39-49f4-be26-8d677f912450_1.pdf

بيانات النشر

ألقاب المؤلفين

[{"name_ar":"Abdullah Mohammed Al-Sadi","title_ar":"اشراف","title_en":"Supervision"},{"name_ar":"Ali Khalfan Al-WahaibI","title_ar":"اشراف","title_en":"Supervision"},{"name_ar":"Salma Saif Salmeen Al-Mabsaliyah ","title_ar":"اعداد","title_en":"Preparation"},{"name_ar":"uhammad Shafiq Shahid","title_ar":"اشراف","title_en":"Supervision"}]

اللغة

English

المصدر والدورية

اسم المصدر

Detection and characterization of different begomoviruses and associated DNA satellites from selected host plants in Oman

المحتوى والصفحات

عدد الصفحات

0

ترجمة الملخص

يُعد فيروس (ChLCV) وفيروس (TYLCV) من أنواع البيجوموفيروس التي تنتمي لعائلة الجيميني‌فيريداي والتي تحتوي على فيروسات DNA أحادية السلسلة التي تنتقل حصريًا بواسطة الذبابة البيضاء (Bemisia tabaci). أُجري تحليل للتنوع الوراثي لعزلات البيجوموفيروس من جميع أنحاء السلطنة. تم جمع 25 عينة من محافظات مختلفة (مسقط، مسندم، الداخلية، جنوب الباطنة، ظفار، وجنوب الشرقية) وتم اختبارها بحثًا عن جزيئات البيجوموفيروس، الألفا ساتالايت والبيتا ساتالايت. تم استخدام تضخيم دائرة التدحرج (RCA) للكشف عن البيجوموفيروس، واستخدم تفاعل سلسلة البلمرة (PCR) للكشف عن الألفا ساتالايت والبيتا ساتالايت، وتم في الوقت ذاته الكشف عن التسلسل النووي الكامل لهذه الجزيئات. أظهر تحليل هذه التسلسلات أن ChLCV وTYLCV هما المسببان الأكثر شيوعًا لمرض تجعد الأوراق في عُمان. علاوة على ذلك، وُجد ChLCV لأول مرة في نوع من أنواع الحشائش Senna italica يقع بالقرب من حقل طماطم مُصاب. علاوة على ذلك، وُجد أن تضخيم الحمض النووي لـ ChLCV وTYLCV أُظهرا على الطماطم في السلطنة. على الرغم من وجود تشابه كبير مع سلالات ChLCV وTYLCV المسجلة سابقًا، فإن الدراسات السابقة قد أشارت إلى أن TYLCV هو أكثر الفيروسات انتشارًا في إصابة محصول الطماطم في عُمان، إلا أن هذه الدراسة أظهرت أن ChLCV قد زاد من انتشاره في النباتات المُضيفة المتنوعة، بما في ذلك الحشائش، وكذلك زاد انتشاره في مناطق جغرافية متنوعة. علاوة على ذلك، أظهرت التحاليل الجينية وغيرها من التحاليل الجزيئية أن 88٪ من عينات النباتات المختبرة التي ظهرت عليها أعراض تُشبه أعراض البيجوموفيروس ارتبطت أيضًا بالبيتا ساتالايت الموجودة في أوراق الطماطم. بالإضافة إلى ذلك، فإن وجود الألفا ساتالايت نادر للغاية، ولم يتم اكتشافه سوى في ورقة البامية.

كلمات الباحثين

Chili leaf curl virus - Tomato leaf curl virus - DNA - Leaf curl disease

إشراف وإعداد

الإشراف

Abdullah Mohammed Al-Sadi, Ali Khalfan Al-WahaibI, uhammad Shafiq Shahid

الإعداد

Salma Saif Salmeen Al-Mabsaliyah

الاقتباسات الببليوغرافية