Etude par outils bio-informatiques de quelques mutations de la protéine Spike du corona virus variant omicron

الموضوعات

علوم بحتة وطبيعية

الملخص

D ’après l’OMS la pandémie de COVID-19 causée par le virus SARS-CoV-2 a entraîné plus de 600 millions d'infections et 6,5 millions de décès dans le monde. La variante Omicron récemment apparue a soulevé de sérieuses inquiétudes quant à la réduction de l'efficacité des vaccins et des anticorps neutralisants en raison de son grand nombre de mutations notamment au niveau de la protéine de surface connue par (SPIKE PROTEINE).Dans cette étude, on a sélectionné 15 mutations les plus connues et les plus présentes chez le variant omicron : (A67V, T95I, S371L, S373P, S375F, N404K, G446S, S477N, E484A, Q493R, Q498R, N501Y, Y505H, N856K, N969K) toute ces mutations causent des substitutions d’acide aminé, on a utilisé une combinaison d'approches in silico conventionnelles et avancées basées sur des réseaux de neurones pour prédire comment ces mutations affecteraient la protéine de pointe.On a étudié l’impact de ces mutations chez le variant omicron de différent coté (phylogénétique, physicochimique, fonctionnel, structural, interactional) et d’utiliser plusieurs et différents outils bio-informatique. On a aussi analysé l’interaction (RBD-ACE2) en effectuant un amarrage moléculaire.Les résultats ont démontré une augmentation de l'alcalinité de la protéine d’un point isoélectrique de 1.5 à 7, une modification de hydroélectricité, variations des résidus fonctionnels, le taux de distance entre les 5 variant VOC connues et que le variant Alpha étant le plus proche au variant omicron on a déduit aussi que le variant omicron contenant les 15 mutations est distant de 6.03577 paire de base par rapport à la (WIV04) séquence de GISAID utilisé comme séquence référence Les résultats de l’amarrage indique que le RBD du variant Omicron avait une affinité plus élevée que la référence. De plus, des simulations de dynamique moléculaire de tous les atomes ont conclu que le RBD de la variante Omicron présente un réseau d'interaction plus dispersé puisque les mutations ont entraîné une augmentation du nombre d'interactions hydrophobes et de liaisons hydrogène avec hACE2

روابط وملفات

التعريف والنوع

رقم الوثيقة

0f14c853-4155-491b-9e73-1d96aedd75aa

رقم العقد

0

نوع الوسائط

Crawler

نوع المحتوى

الرسائل العلمية

صيغة المصدر

ماستر (LMD)

نوع الملف

pdf text

أسماء الملفات

2228020_1.pdf

بيانات النشر

ألقاب المؤلفين

[{"name_ar":"A Abdul Hussain","title_ar":"اشراف","title_en":"Supervision"},{"name_ar":"Radja Guelai","title_ar":"اعداد","title_en":"Preparation"},{"name_ar":"S Afrit ","title_ar":"اشراف","title_en":"Supervision"}]

اللغة

French

المصدر والدورية

اسم المصدر

Etude par outils bio-informatiques de quelques mutations de la protéine Spike du corona virus variant omicron

المحتوى والصفحات

عدد الصفحات

0

ترجمة الملخص

The COVID-19 pandemic caused by the SARS-CoV-2 virus has led to more than 600 million infections and 6.5 million of deaths worldwide. The recently occurred Omicron variant raised serious concerns about reducing the efficacy of vaccines and neutralization antibodies due to its large number of mutations especially in the surface protein known as (SPIKE PROTEINE).In this study, we have selected the 15 most known and most present mutations in the omicron variant: (A67V, T95I, S371L, S373P, S375F, N404K, G446S, S477N, E484A, Q493R, Q498R, N501Y, Y505H, N856K, N969K) all these mutations cause amino acid substitutions, we used a combination of conventional and advanced in silico approaches based on neural networks to predict how these mutations would affect the spike protein. We studied the impact of these mutations in the omicron variant from different sides (phylogenetic, physicochemical, functional, structural, interactional) and we used several and different bioinformatics tools. We also analyzed the interaction (RBD-ACE2) by performing a molecular docking The results demonstrated an increase in the alkalinity of the protein an isoelectric point 1.5 to 7 , a modification of the hydrophobicity, the variations of the functional residues, the rate of distance between the 5 known VOC variants and that the Alpha variant being the closest to the omicron variant. We also deduced that the omicron variant containing the 15 mutations is 6.03577 base pairs away from (WIV04) the GISAID sequence used as reference sequence. The results revealed that the RBD of the Omicron variant had a higher affinity than the reference. Additionally, all-atom molecular dynamics simulations concluded that the Omicron variant RBD exhibits a more dispersed interaction network since the mutations resulted in an increase in the number of hydrophobic interactions and hydrogen bonds with hACE2

كلمات الباحثين

bio-informatique proteinespike sarscovide 2 variant omicron mutations

إشراف وإعداد

الإشراف

A Abdul Hussain, S Afrit

الإعداد

Radja Guelai

الاقتباسات الببليوغرافية