Molecular characterization and genetic diversity of phytoplasmas in Oman using multiple genes analyses and functional genomics of SAP11

الموضوعات

زراعة

الملخص

مرض مكنسة الساحرة من الأمراض الخطيرة و المدمرة التي تصيب القت (البرسيم) العماني في كل من المناطق التالية: الباطنة و الشرقية و الداخلية و الظاهرة، الفايتوبلازما (بكتريا بدون جدار خلوي) هي التي تسبب هذا المرض، و اظهر المسح الميداني لحقول القت ان نسبة الإصابة بمرض المكنسة تصل إلى 95% في الحقول التي تكون أعمارها من ست سنوات و أكثر. لقد تم الكشف عن وجود الفايتوبلازما في القت المصاب باستخدام صبغة ( diamidino - 2 - ) ( DAPI -4 , 6 phenylindole) و ذلك بانبعاث ضوء الصف (Fluorescence) من الخلايا الغربالية المصابة، و صور المجهر الإلكتروني أظهرت و جود عدد كبير من خلايا الفايتوبلازما في الخلايا الغربالية ألقت المصاب فقط المزيد من التأكد و لمعرفة نوع الفايتوبلازما فقد تم استخدام التقنية الحيوية في دراسة مرض مكنسة الساحرة في القت العماني، تم استخلاص الحمض النووي (DNA) من النباتات المصابة لاستخدامه في تحليل تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR)، بواسطة تفاعل البلمرة المتسلسل تم تضخيم جين (16S rDNA) الفايتوبلازما و ذلك باستخدام زوجين من البايتات (Primers)، في التفاعل الأول أو المباشر (Direct PCR) تم استخدام البادية المتحدة ( P1 / P7 ) و لمزيد من الدقة استخدمت البادئة المتحدة ( R16F2n/ R16R2 ) في التفاعل الثاني (Nested PCR) و لقد تم تضخيمالحمض النووي من العينات المصابة فقط وكانت (kb 1 . 8) من (Direct PCR) و (kb 1 . 2) من ( Nested PCR) حسب المتوقع لالااستخدمت تقنية تباين أطوال قطع الحمض النووي المقطعة بإنزيمات القطع المحدود ( RFLP ) لمخرجات ( Direct PCR) لعينات القت المصاب و 19 عينة من الفايتوبلازما من مجموعات مختلفة كمينات موجبة ( positive control )، استخدم في عملية القطع الأنزيمات التالية ( Tsp5091 , Rsal , Taql , Tru9l , and Hpall)، إشارة نتائج التحليل (RFLP ) إلى وجود فروق بين فايتوبلازما مرض مكنسة الساحرة في القت العماني مع كل الفايتوبلازما المستخدمة ، إلا أنه وجد تشابه مع فيتو بلازما (tomato big bud ) من أستراليا و لهذا تم تصنيف الفيتو بلازما التي تصيب القت العماني من ضمن مجموعة (16Sril- D ). من خلال هذه الدراسة تم معرفة 1690 وحده من تسلسل الحمض النووي (DNA)، لمنتجع (Direct PCR ) بعد ما تم امتلمساخه، و لقد أظهرت تحاليل الحمض النووي المتسلسلة إلى وجود تشابه بين فيتوبلازما القت العماني اتوقيتوبلازما (papaya yellow crinkle ) كانت النسبة أكثر من 98%، ونسبة التشابه مع فيتوبلازما مرض مكنسة الساحرة في الليمون العماني أقل من 97 . 5 % ، لقد وضع رسم الشجرة الجينية لتسلسل الحمض النووي الفيتوبلازما القت العمالي مع فيتوبلازما مرض (FBP)، في نفس المجموعة .

روابط وملفات

التعريف والنوع

رقم الوثيقة

0cbacdcb-5305-4c76-8e13-b92396bf818d

رقم العقد

0

نوع الوسائط

Crawler

نوع المحتوى

الرسائل العلمية

صيغة المصدر

رسائل ماجيستير

نوع الملف

pdf text

أسماء الملفات

1376037_1.pdf

بيانات النشر

ألقاب المؤلفين

[{"name_ar":"Akhtar Jamal Khan","title_ar":"اشراف","title_en":"Supervision"},{"name_ar":"Ali Masoud Saeed Al-Subhi","title_ar":"اعداد","title_en":"Preparation"}]

اللغة

English

المصدر والدورية

اسم المصدر

Molecular characterization and genetic diversity of phytoplasmas in Oman using multiple genes analyses and functional genomics of SAP11

المحتوى والصفحات

عدد الصفحات

0

ترجمة الملخص

Witches' broom of alfalfa (Medicago sativa L.) is a serious disease caused by a phytoplasma in the Al-Batinah, Al-Sharqiya, Al-Dhahera, and interior regions of the Sultanate of Oman. Disease incidence was recorded to be 95% in 6 year-old alfalfa crop during field survey. Phytoplasma bodies were detected by 4,6 diamidino-2-phenylindole (DAPI) staining in alfalfa plants showing witches' broom symptoms. Results obtained from transmission electron microscopy revealed the presence of numerous phytoplasma cells in phloem sieve-tube members in diseased plants but not in healthy tissues. Total nucleic acid isolated from symptomatic alfalfa was used as template to amplify 16S-23S ribosomal DNA and spacer region by polymerase chain reaction (PCR) using two pairs of universal primers as direct (P1/P7) and nested (R16F2n/ R16R2). The PCR amplifications yielded 1.8 and 1.2 kb fragment from direct and nested. PCR respectively from DNA of symptomatic alfalfa, Restriction fragment length polymorphism (RFLP) profiles of direct PCR products amplified from symptomatic alfalfa and 19 phytoplasmas from different groups used as positive control with Tsp5091, Rsal, Taqi, Trugl, and Hpall restriction enzymes clearly indicated that alfalfa phytoplasma is different from all other phytoplasmas employed in this study belonging to subgroup 16Srli, except tomato big bud (TBB) phytoplasma from Australia, and could be therefore classified in TBB subgroup, 16Srll-D. The P1/P7 PCR product was sequenced after cloning and yielded 1690 bp product. The alfalfa witches' broom (AlfWB) phytoplasmsa showed >98% similarity with papaya yellow crinkle (Papaya YC) phytoplasma from New Zealand in the homology search and <98% similarity with LWB phytoplasma. These finding were supported by phylogenetic analysis that showed AlfWB clustering with FBP group (16Srll) and Papaya YC belonging to the same group. On the basis of results obtained from restriction fragment length polymorphism and nucleotide sequence analyses of 165 DNA, the AlfWB phytoplasma was classified in FBP group (16Srll). designated subgroup Il-D.

كلمات الباحثين

Phytoplasma diseases, Plant molecular genetics

إشراف وإعداد

الإشراف

Akhtar Jamal Khan

الإعداد

Ali Masoud Saeed Al-Subhi

الاقتباسات الببليوغرافية