Study Some of HLA Genes Polymorphism Among Patients with Helicobacter pylori Infection

الموضوعات

طب

الملخص

Helicobacter pylori infection is very common, and it is estimated that about half of the world's population is infected with this bacterium, which causes stomach ulcer, gastritis, and stomach cancer. In this case–control study, 250 subjects were included, divided as 200 patients attending the Gastroenterology and Hepatology Center of Merjan Medical City Hospital for diagnosis of bacterial infection in the stomach, aged 15–71, during November 2022 to January 2023, in addition to 50 apparently healthy subjects as a control group with age and sex similar to the case group. From all subjects, 250 blood specimens and 250 stool specimens were collected. Five milliliters of venous blood specimens were separated into two groups. 2.5 ml were put in EDTA tubes for DNA extraction to detect HLA polymorphism, while 2.5 ml were put in gel tubes for serum separation to detect HLA-DRB and HLA-C levels by ELISA and to diagnose H. pylori by Ab rapid test. In addition, the bacteria were detected by Ag rapid test through stool specimens according to bacterial culturing and PCR. Of the 200 specimens, 80 (40%) showed positive results for the Ab test and 120 (60%) gave negative results. Forty-five (22.5%) were positive for the Ag test according to bacterial culturing, while 155 (77.5%) gave negative Ag rapid test and bacterial growth. This study showed a decrease in the serum level of HLA-DRB1 in patients, which was 1905 ng/L, compared with serum levels of healthy controls, which were 2849 ng/L (P ≤ 0.0003), while HLA-C study showed an increase in the serum level of HLA-C in patients, which was 50.90 ng/L, compared with healthy controls, which were 28.77 ng/L (P ≤ 0.000). The genotype distribution of the SNPs in HLA-C rs2395471 SNPs was 8% GG, 60% GA, and 32% AA with H. pylori infection. The genotype distribution in healthy controls was 0% GG, 40% GA, and 60% AA, with T-allele and A-allele frequencies of 8 (0.16%) and 42 (0.84%) in patients, and 19 (0.38%) for G-allele frequency and 31 (0.62%) for A-allele frequency in controls, respectively. When comparing the genotype distribution for HLA-C rs2395471, GG result was (P=0.2, OR=5.42, CI=0.24–118). AA indicated no statistically significant differences in HLA-C rs2395471 SNP between patients and healthy controls (GG, GA), demonstrating that HLA-C rs2395471 SNP contributed to infection at a significant p-value (0.04), indicating a significant difference in AA genotypes. The genotype distribution for HLA-C rs2249741 SNPs was 20% AA, 52% AC, and 28% CC in patients infected with H. pylori, and in healthy controls was 0% AA, 24% AC, and 76% CC, with A-allele and C-allele frequencies 23 (0.46%) and 27 (0.54%) in patients, and 6 (0.12%) for A-allele and 44 (0.88%) for C-allele in controls. Comparing the genotype distribution for HLA-C rs2249741 SNP, AA result was (P=0.08, OR=13.68, CI=0.71–262.18). There were no statistically significant differences between patients and controls when comparing AA wild genotype to AC and CC. HLA-C rs2249741 SNP was associated with infection by H. pylori when p-values of 0.04 and 0.001 were significant. The genotype distribution for HLA-C rs2249742 SNP consisted of 44% CC, 44% CT, and 12% TT with H. pylori infection. In healthy controls, it was 0% CC, 28% CT, and 72% TT, with C-allele and T-allele frequencies 33 (0.66%) and 17 (0.34%) in patients, and 7 (0.14%) for C-allele and 43 (0.86%) for T-allele in controls. Comparing the genotype distribution for HLA-C rs2249742 SNP, CC result was (P=0.01, OR=40.44, CI=2.21–738.01). This finding demonstrates significant differences in HLA-C (CT) heterozygous genotype non-significant SNPs. There was a significant difference between CC and TT genotypes at significant p-values (0.01) and (0.000), indicating that HLA-C rs2249742 SNPs were associated with infection by H. pylori. The genotype distribution of rs1794511 in HLA-DRB1 rs2249742 consisted of 64% TT, 24% TG, and 12% GG with H. pylori infection. In healthy controls, it was 100% TT, 0% TG, and 0% GG, with T-allele and G-allele frequencies 38 (0.62%) and 9 (0.38%) in patients, and 50 (1%) for T-allele and 0 for G-allele in controls. Comparing the genotype distribution for DRB1 rs2249742, TT result was (P=0.02, OR=0.03, CI=0.0019–0.62). This finding demonstrates significant differences (TG, GG) in heterozygous genotype, while homozygous genotype showed non-significant SNPs (p-values 0.06 and 0.1). Polymorphism in HLA-C and HLA-DRB1 was significantly associated with disease risk.

روابط وملفات

التعريف والنوع

رقم الوثيقة

0a2d017a-9187-4e29-8da9-49063087bccf

رقم العقد

0

نوع الوسائط

Crawler

نوع المحتوى

الرسائل العلمية

صيغة المصدر

رسائل ماجيستير

نوع الملف

pdf text

أسماء الملفات

994166_1.pdf

بيانات النشر

ترجمة العنوان

دراسة تعدد الأشكال الوراثية لبعض جينات HLA بين إصابات الملوية البوابية

ألقاب المؤلفين

[{"name_ar":"نور سلمان كاظم","title_ar":"اشراف","title_en":"Supervision"},{"name_ar":"نور فراس قيس عيسى","title_ar":"اعداد","title_en":"Preparation"}]

اللغة

English

المصدر والدورية

اسم المصدر

Study Some of HLA Genes Polymorphism Among Patients with Helicobacter pylori Infection

المحتوى والصفحات

عدد الصفحات

0

ترجمة الملخص

الملوية البوابية: تعد عدوى الملوية البوابية شائعة جدًا وتشير التقديرات إلى أن حوالي نصف سكان العالم مصابون بهذه البكتيريا التي تسبب قرحة المعدة والتهاب المعدة وسرطان المعدة. تضمنت هذه الدراسة جمع العينات من الاشخاص المرضى والاشخاص الذين يبدو عليهم انهم اصحاء بلغ عدد الاشخاص 250 شخصًا مقسمين إلى 200 مريضًا يراجعون مركز أمراض الجهاز الهضمي والكبد بمستشفى مدينة مرجان الطبية لتشخيص العدوى البكتيرية في المعدة الذين تتراوح أعمارهم بين (15-71) خلال نوفمبر 2022 إلى يناير 2023، بالإضافة إلى 50 شخصًا يتمتعون بصحة جيدة كمجموعة ضابطة. تم جمع 250 عينة دم و 250 عينة براز من جميع أفراد العينة. 5 مل من عينات الدم الوريدي مقسمة إلى مجموعتين. يوضع 2.5 مل في أنبوب EDTA لاستخلاص الحمض النووي للكشف عن تعدد أشكال HLA. بينما يوضع 2.5 مل في أنبوب هلامي لفصل المصل للكشف عن مستويات HLA-DRB وHLA-C بواسطة ELISA وتشخيص بكتيريا H.pylori بواسطة اختبار Ab السريع. بالإضافة إلى الكشف عن البكتيريا عن طريق اختبار Ag السريع من خلال عينات البراز وفقا للزراعة البكتيرية و PCR للكشف عن URE A. من ال200 عينة 80 (40%) أظهرت نتيجة إيجابية لاختبار Ab و 120 (60%) أعطت نتيجة سلبية. 45 (22.5%) نتيجة إيجابية لاختبار Ag وبحسب الزراعة البكتيرية بينما 155 (77.5%) أعطت نتيجة سلبية لاختبار Ag السريع والنمو البكتيري . أظهرت هذه الدراسة انخفاضًا في مستوى مصل HLA-DRB1 في المرضى حيث بلغت (1905) نانوغرام / لتر مقارنة بمستويات مصل الدم في الاشخاص الاصحاء والتي كانت (2849) نانوغرام / لتر اي ان هنالك فرق معنوي P= 0.0003 ، بينما أظهرت دراسة HLA-C زيادة في مستوى مصل المرضى حيث بلغت (50.90) نانوغرام / لتر ، مقارنة بمستويات مصل الدم في الاشخاص الاصحاء والتي كانت (28.77) نانوغرام / لتر اي ان هناك فرق معنوي P= 0.000 كانت نتيجة تعدد الشكل الجيني HLA-C كما يلي توزيع النمط الجيني HLA-C rs2395471 SNPs 8 ٪ GG ، 60٪ GA ، 32٪ AA للمرضى المصابين بالبكتيريا الحلزونية البوابية. وكان توزيع التركيب الوراثي في الضوابط الصحية 0٪ GG و 40٪ GA و 60٪ AA ، مع ترددات G-allele و A-allele المرضى 19 (0.38٪) لتردد G- أليل و 31 (0.62٪) لترددات أليل A على التوالي.عند مقارنة توزيع التركيب الوراثي لـ HLA-C rs2395471 كانت نتيجةGG P = 0.2 OR = 5.42 ، Cl = 0.24-118.9. أشارت AA إلى عدم وجود فروق معنوية ذات دلالة إحصائية في HLA-C rs 2395471 SNPs بين المرضى و الاشخاص الاصحاء (GG ، GA). يوضح أن HLA-C rs2395471SNPs ساهم في الإصابة بقيمة احتمالية معنوية (0.04)p= ، مما يشير إلى وجود اختلاف كبير في الأنماط الجينية AA. وكان توزيع النمط الجينيrs2249741SNPs 20٪ AA ، 52٪ AC ، و 28٪ CC في المرضى المصابين بالبكتيريا الحلزونية. وكان توزيع التركيب الوراثي في التحكم الصحي 0٪ AA ، 24٪ AC ، 76٪ CC ، مع ترددات A-allele و C-allele 23 (0.46)٪ 27( 0.54)٪ في المرضى و الاشخاص الاصحاء كانت 6 (0.12) ٪ لتردد أليل A و 44 (0.88) ٪ لترددات C- أليل ، وعند مقارنة توزيع التركيب الوراثي لـ HLA-C rs2249741SNPs ، كانت نتيجة AA ,P = 0.08 ، OR = 13.68 ، لا توجد فروق ذات دلالة إحصائية في HLA-C rs2249741SNP بين المرضى والاشخاص الاصحاء عند مقارنة النمط الجيني البري (AA) بالنمط الجيني المتماثل (AC ، CC) والنمط الجيني متغاير الزيجوت . يوضح أن HLA-C rs2249741SNPs كان مرتبطًا بالعدوى بالبكتيريا الحلزونية عند القيم p= 0.04 و 0.001p= كان توزيع النمط الجيني HLA-C rs2249742 SNPs من 44٪ CC و 44٪ CT و 12٪ TT ، مع الإصابة بالبكتيريا الحلزونية البوابية. وكان توزيع التركيب الوراثي في الاشخاص الاصحاء 0٪ CC ، 28٪ CT ، و 72٪ TT ، مع تردد C-allele T-allele 33 (0.66)٪ ، 17 (0.34)٪ في المرضى والتحكم الصحي كان 7 (0.14) ٪ لتردد C-allele و 43 (0.86) لترددات T-allele ، وعند مقارنة توزيع النمط الجيني لـ HLA-C rs2249742SNP ، كانت نتيجة CC P = 0.01 ، OR = 40.44 ، 212.=Cl يوضح هذا الاكتشاف (CC ، TT) أن هناك فروقًا ذات دلالة إحصائية في ، والنمط الجيني متغاير الزيجوت CT لايود فيه فرق معنوي .يمكن إثبات وجود فرق كبير بين الأنماط الجينية CC و TT عند قيم p معنوية (0.01) و (0.000) ، مما يشير إلى أن HLA-C rs2249742SNPs تعدد الأشكال كان مرتبطًا بالعدوى بالبكتيريا الحلزونية. يتألف توزيع النمط الجيني لـ SNPs من النمط الجيني rs1794511 في تعدد الأشكال الوراثي HLA-DRB1 rs2249742 من 64٪ TT و 24٪ TG و 12٪ GG ، مع عدوى H. pylori. وكان توزيع التركيب الوراثي في الاشخاص الاصحاء 100٪ TT ، 0٪ TG ، و 0٪ GG ، مع تردد T-allele و G-allele 38 (0.62)٪ ، 9 (0.38)٪ في المرضى و الاشخاص الاصحاء كانت 50 (1) ٪ لتردد T-allele و 0 لترددات G-allele ، وعند مقارنة توزيع النمط الجيني لـ DRB1 rs2249742 HLA-DRB1 SNPs ، كانت نتيجة TT 0.02 p= 0.03 OR=، Cl 0.0019 -0.62 هذه النتيجة توضح أن هناك اختلافات كبيرة. (TG.GG) التركيب الوراثي متغاير الزيجوت والنمط الجيني متماثل الزيجوت.( 0.06) و (0.1) .ارتبط تعدد الأشكال في HLA-C و HLA-DRB1 بشكل كبير مع مخاطر المرض .

كلمات الباحثين

Helicobacter pylori, HLA-C, HLA-DRB1, polymorphism, bacterial infection, immunogenetics

إشراف وإعداد

الإشراف

نور سلمان كاظم

الإعداد

نور فراس قيس عيسى

الاقتباسات الببليوغرافية