Follow-up of Tobamovirus infection in cultivated tomato crop using NGS analysis

الموضوعات

علوم بحتة وطبيعية

الملخص

روابط وملفات

التعريف والنوع

رقم الوثيقة

03d31986-4228-4f51-911b-d9aa239dcf0e

رقم العقد

0

نوع الوسائط

Crawler

نوع المحتوى

الرسائل العلمية

صيغة المصدر

رسائل ماجيستير

نوع الملف

pdf text

أسماء الملفات

2365981_1.pdf

بيانات النشر

ترجمة العنوان

متابعة الإصابة بفيروس التوبامو في محصول الطماطم المزروعة باستخدام تحليل تسلسل الجيل التالي

ألقاب المؤلفين

[{"name_ar":"Maram Hatem Adel Jaafreh","title_ar":"اعداد","title_en":"Preparation"},{"name_ar":"ابراهيم عباس","title_ar":"اشراف","title_en":"Supervision"}]

اللغة

English

المصدر والدورية

اسم المصدر

Follow-up of Tobamovirus infection in cultivated tomato crop using NGS analysis

المحتوى والصفحات

عدد الصفحات

0

ترجمة الملخص

تعتبر نبتة الطماطم (Solanum lycopersicum)، التي تحمل ثمارًا صالحة للأكل، مكونًا أساسيًا في النظام الغذائي، ولها أهمية اقتصادية في جميع أنحاء العالم. تعتبر فيروسات التوبامو من الأمراض الزراعيةالخطيرة/المدمرة التي تصيب النباتات. الهدف الرئيسي لهذه الدراسة هو الكشف عن وجود فيروس التوبامو في سلالات الطماطم المختلفة، وتحديد أكثر أنواع الطماطم التي تتمتع بأفضل مقاومة للعدوى الأفضل الاصابة الفيروسية. يمكن أن تساعد هذه النتيجة المزارعين على تجنب العديد من الخسائرالمادية عن طريق اختيار سلالات أخرى من الطماطم المقاومة للأمراض. اعتمدت هذه الدراسة للكشف عن وجود فيروس توبامو على تقنية التسلسل من الجيل التالي. أجريت الدراسة بعد جمع أوراق ونباتات الطماطم المثمرة وعينات التربة من 4 دفيئات مختلفة تقع في منطقة أريحا على مدى أربعة أشهر بدأت من شباط وحتى أيار 2023 وحتى نهاية فترة جمع العينات، تم جمع 155 عينة من التربة وعينات نباتية. بالنسبة لكل عينة تم جمعها، تم إجراء استخراج إجمالي للحمض النووي، ثم تم تصنيع cDNA من إجمالي الحمض النووي المنتج باستخدام (RevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit)، وتبع ذلك التضخيم عبر تفاعل البلمرة المتسلسل. لكل عينة تم تطبيق نظامين من تفاعل البوليميريز المتسلسل للكشف عن الفيروس وبعد ذلك تحليل تسلسل الحمض النووي بطريقة تسلسل الجيل التالي. وتم تحميل جميع الملفات على برنامج منصة Galaxy (usegalaxy.org) وتمت تصفيتها بالجودة وتحليلها. وقد تبين أن من بين ال 155 عينة تم اختبارها بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل باستخدام نظام تفاعل البوليميراز المتسلسل 1 والنظام 2؛ كان هناك اتساق في نتائج PCR للنظامين وخاصة تلك العينات التي أظهرت تضخيم قوي لـ Tobamovirus cDNA. كانت العينات التي شوهدت ذات تضخيم خافت أو ضعيف مختلفة بين نظامي PCR المستخدمين. كان من الواضح أنه تم رؤية نتائج أكثر إيجابية بين العينات التي تم اختبارها باستخدام نظام PCR 1 مقارنة بأنظمة PCR 2. ومن إجمالي العينات التي تم اختبارها باستخدام نظام PCR 1، تم الكشف عن أن 86 عينة لها نتائج PCR قوية معتدلة تنعكس من خلال إظهار نطاقات PCR قوية على هلام الاغاروز. تم الحصول على الترحيل الكهربائي مقارنة بحوالي 46 عينة لنفس المعايير بنظام PCR 2. من ناحية أخرى، تم حساب العينات التي أظهرت تضخيم خافت أو ضعيف لفيروس التوبامو لتكون 45 عينة تطبق نظام PCR 1 و 86 عينة تطبق نظام PCR 2. وتم الكشف عن عينات أخرى سلبية من خلال نظامي PCR المستخدمين. باستخدام تحليل NGS، أظهرت التسلسلات تشابهاً بنسبة 99% مع عزلات مختلفة من فيروس ثمار نبات الطماطم البنية بما في ذلك عزلة فيروس الطماطم الأردنية (TBRFV-Jo)، (رقم دخول بنك الجينات KT383474.1).dc.idtifier.urihttps://dspace.alquds.edu/handle/20.500.12213/9295dc.language.iso_USdc.publisherAl-Quds Universitydc.titleFollow-up of Tobamovirus infection in cultivated tomato crop using NGS analysisdc.titleمتابعة الإصابة بفيروس التوبامو في محصول الطماطم المزروعة باستخدام تحليل تسلسل الجيل التالي

إشراف وإعداد

الإشراف

ابراهيم عباس

الإعداد

Maram Hatem Adel Jaafreh

الاقتباسات الببليوغرافية