Polymorphism of Toll-Like Receptors Genes of Susceptibility Patients with Pulmonary Aspergillosis

الموضوعات

علوم تطبيقية وتكنولوجية

الملخص

This study aimed to determine the occurrence of Aspergillus species among patients with lung problems, by means of phenotypic examination and molecular identification, as well as detection for some polymorphisms of Toll-like receptor genes of patients. This study was carried out during the period from October 2020 to February 2021. A total of 128 samples of sputum and bronchial lavage fluid for both sexes and different age groups ranged between (15–83) were collected from patients suffering from lung infection, and they were complaining of symptoms indicative of lung disease who were admitted to the Specialized Center for Chest Diseases and Taiba Hospital in Al Hillah city. As 102 samples were sputum and 26 samples of lung lavage fluid, and after the collection, each sample was cultured on the (SDA) and (PDA) and examined microscopically and grossly. The present study showed that the percentage of samples that were positive culture in BAL was 24 (18.7%), while positive culture in sputum showed 93 (72.6%), and the total number of fungal colonies isolated was 445, while the total number of yeast colonies isolated was 4918. The occurrence of Aspergillus among the filamentous fungi was high, 156 (35%) isolates of positive samples isolated from sputum and lavage. The most dominant species constituting with the highest frequency were A. niger 41 (9.21%), followed by A. terreus and A. flavus 37 (8.31%) and 34 (7.64%) respectively. Other Aspergilli included A. tubingensis 18 (4.04%), A. nomius 5 (1.12%), and A. fumigatus 4 (0.89%), while non-Aspergillus species included Penicillium as the second one with 151 (33%) isolates and the third one was Cladosporium with 97 (21%) isolates. Whereas with regard to yeasts, it had relied on its diagnosis on the CHROMO-agar, which showed that 2900 (58.9%) brown yeasts represented the highest one of yeast isolated from lavage, and 833 (16.9%) isolates of Candida parapsilosis, 653 (15.3%) isolates of C. albicans, 250 (5.08%) black yeasts from lavage, as well as 87 (1.76%) C. krusei, 43 (0.87%) C. glabrata, 42 (0.85%) C. dubliniensis, and 10 (0.2%) Rhodotorula sp. Twenty-three isolates of Aspergillus species of this study were subjected for DNA extraction and PCR assay with AFU5S primer, the molecular weight of PCR product was 236 bp. Sequencing of nitrogen bases for Aspergillus spp. were matched with the reference strains sequence deposited in the Gene Bank using the NCBI BLAST Nucleotide Database program by using AFU5S primer for the 18S region, and the results are identical to diagnose phenotypically for most of the samples under study. This technique is successful in the diagnosis of isolates that did not reach their species by using traditional methods such as A. nomius, E. amstelodami, A. sclerotioniger, and A. tubingensis. The polymorphism of TLR2 gene was done for 15 samples of blood DNA; the PCR products showed 524 bp. The results of sequences were aligned with the reference sequence in NCBI. There are several genotypes in the TLR2 rs5743708 G/A gene. Each observed substitution or insertion mutation as well as novel SNP (recorded for the first time at this site). The polymorphism of TLR8 (rs3764880 A/G) gene was the frequency of genotypes AG, AA, and GG respectively 30.0%, 46.6%, and 23.3% in patients. Three genotypes were found in this study of (IL-1RN) gene polymorphism in patients with pulmonary aspergillosis, while there are two genotypes of (IL-1RN) gene polymorphism in the control group.

روابط وملفات

التعريف والنوع

رقم الوثيقة

025984e4-b852-4677-88eb-6aaa083a637c

رقم العقد

0

نوع الوسائط

Crawler

نوع المحتوى

الرسائل العلمية

صيغة المصدر

رسائل ماجيستير

نوع الملف

pdf text

أسماء الملفات

996134_1.pdf

بيانات النشر

ترجمة العنوان

التغايرات الشكلية لجينات المستقبلات المناعية في المرضى المتحسسين لمرض الالتهاب الرئوي الاسبرجلوسي

ألقاب المؤلفين

[{"name_ar":"فرح محمد سعيد صادق الجبوري","title_ar":"اعداد","title_en":"Preparation"},{"name_ar":"كوثر محمد علي حسن","title_ar":"اشراف","title_en":"Supervision"}]

اللغة

English

المصدر والدورية

اسم المصدر

Polymorphism of Toll-Like Receptors Genes of Susceptibility Patients with Pulmonary Aspergillosis

المحتوى والصفحات

عدد الصفحات

0

ترجمة الملخص

هدفت هذه الدراسة إلى تحديد مدى تواجد أنواع الفطر Aspergillus بين المرضى الذين يعانون من مشاكل الرئة ، وذلك عن طريق الفحص المظهري و الجزيئي ، فضلا عن الكشف عن التغايرات الشكلية لجينات المستقبلات المناعية TLR لدى المرضى. أجريت هذه الدراسة خلال الفترة من تشرين الأول 2020 إلى شباط 2021. تم جمع 128 عينة بلغم وسوائل غسل الشعب الهوائية من مرضى يعانون من إصابات في الرئة وكانوا يشكون من أعراض تدل على أمراض الرئة والذين راجعوا مركز الامراض الصدرية التخصصي ومستشفى طيبه في مدينة الحلة ، حيث توزعت على 102 عينة من البلغم و 26 عينة من سائل غسيل الرئة ، و بعد الجمع ، تمت زراعة كل عينة على وسط اكار السابرويد الدكستروز (SDA) وأكار البطاطا الدكستروز (PDA) وفحصها مجهريًا وعيانياً. أوضحت الدراسة الحالية أن النسبة المئوية للعينات التي زُرعت إيجابية في BAL 24 (18.7%)، بينما أظهرت الزرع الموجب في البلغم ( 93 (72.6%والعدد الكلي لمستعمرات الفطريات المعزولة 445 ، في حين أن العدد الإجمالي لمستعمرات الخمائر المعزولة هو 4918. كانت نسبة حدوث داء الرشاشيات 156(35%)عزله بين الفطريات الخيطية هي الأعلى من العينات الموجبة المعزولة من البلغم والغسيل. وكان النوع الأكثر انتشارا هو A. niger (9.21%) 41 ، يليه A. terreus و A.flavus 37 (8.31%) ,34 (7.64%) على التوالي. تشمل الرشاشيات الأخرى 18 (4.04%) A. tubingensis ، 5 (1.12%) A. nomius ، A .fumigatus (%4 (0.89، بينما الأنواع غير الرشاشيات بما في ذلك Penicillium النوع الثاني مع (33%)151 عزلة والثالث كان Cladosporium مع (21%)97 عزلة. فيما يتعلق بالخمائر ، فقد اعتمدت الدراسه في تشخيصه على كرومو أكار الذي أظهر أن (58.9%) 2900 من الخميرة البنية تمثل أعلى خميرة معزولة من سائل الغسل و 833 (16.9%) عزلة من Candida parapsilosis، 653(15.3%) عزلات من C. albicans ،250 (5.08%) خميرة سوداء من سائل الغسل ، وكذلك 87 (1.76%) C. krusei ، 43 (0.87%) C.glabrata ، 42 (0.85%) C. dubliniensis و 10 (0.2%) Rhodotorula>sp. تم إخضاع 23 عزلة من أنواع الرشاشيات في هذه الدراسة لاستخراج الحمض النووي واجراء فحص تفاعل البلمرة المتسلسل باستخدام البادئ AFU5S ، وكان الوزن الجزيئي لناتج PCR هو 236 زوج قاعدي. تسلسل قواعد النيتروجين لـ Aspergillus spp.. تمت مطابقته مع إيداع تسلسل السلالات المرجعية في بنك الجينات باستخدام برنامج قاعدة بيانات NCBI Blast Nucleotide باستخدام البادئ AFU5S لمنطقة 18S وكانت النتائج مماثلة لتشخيص النمط الظاهري لمعظم العينات قيد الدراسة ، وهذه التقنية ناجحة في تشخيص العزلات التي لم نصل لنوعها باستخدام الطرق التقليدية مثل A. nomius و E. amstelodami و A. sclerotioniger و A. tubingensis. تم الكشف عن تعدد الأشكال لجين TLR2 لخمسة عشر عينة من الحمض النووي للدم ، وكان الوزن الجزيئي لناتج PCR هو 524 زوج قاعدي. تمت محاذاة نتائج التسلسلات مع التسلسل المرجعي في NCBI. هناك العديد من الأنماط الجينية في جين TLR2 rs5743708 G / A. تم ملاحظة كل استبدال أو طفرة إدخال بالإضافة إلى SNP الجديد (تم تسجيله لأول مرة على هذا الموقع). كان تعدد الأشكال لجين TLR8 (rs3764880 A / G) هو تكرار الأنماط الجينية AG و AA و GG على التوالي 23.3%, 46.6%, 30.0% في المرضى. تم العثور على ثلاثة أنماط وراثية في هذه الدراسة لتعدد الأشكال الجيني (IL-1RN) للمرضى الداخليين المصابين بداء الرشاشيات الرئوي بينما يوجد نمطين وراثيين من تعدد الأشكال الجيني (IL-1RN) في مجموعة السيطرة.

كلمات الباحثين

Aspergillosis, Genes, Polymorphism, Toll-like receptors, PCR, Fungal isolation, Respiratory samples, Gene sequencing, Lung patients

إشراف وإعداد

الإشراف

كوثر محمد علي حسن

الإعداد

فرح محمد سعيد صادق الجبوري

الاقتباسات الببليوغرافية